Moravské zemské muzeum je rozmístěno v několika budovách a má tři oddělení: historické, přírodovědné a uměnovědné . V současnosti se ve sbírkách muzea nachází více než 6 milionů předmětů z různých oborů.
Výstavy a expozice pro veřejnost jsou umístěny v pěti brněnských budovách: pavilonu Anthropos (archeologická a antropologická expozice), Dietrichsteinském paláci (paleontologie a mineralogie), Biskupském dvoře (zoologie, geologie, numismatika), Paláci šlechtičen (etnografie) a Památníku Leoše Janáčka (život a dílo L. Janáčka). Dále provozuje muzeum pět mimobrněnských budov: památník Bible kralické v Kralicích nad Oslavou (bratrská tiskárna ze 16. století), zámek v Jevišovicích (lidový nábytek a hradní kuchyně), zámek v Budišově (zoologická expozice), zámek v Moravci (anglický park) a Centrum slovanské archeologie v Uherském Hradišti.
Kromě stálých expozic a výstav pořádá Moravské zemské muzeum přednášky, exkurze a edukační programy pro školy.